根據認定管理工作需要，科技部、財政部、稅務總局按照《認定辦法》的要求，可組織專家對各地高新技術企業認定管理工作進行重點檢查，對存在問題的視情況給予相應處理。
企業獲得高新技術企業資格后，在其資格有效期內應每年5月底前通過“高新技術企業認定管理工作網”，報送上一年度知識產權、科技人員、研發費用、經營收入等年度發展情況報表（附件6）；在同一高新技術企業資格有效期內，企業累計兩年未按規定時限報送年度發展情況報表的，由認定機構取消其高新技術企業資格，在“高新技術企業認定管理工作網”上公告。
認定機構應提醒、督促企業及時填報年度發展情況報表，并協助企業處理填報過程中的相關問題。
對已認定的高新技術企業，有關部門在日常管理過程中發現其不符合認定條件的，應以書面形式提請認定機構復核。復核后確認不符合認定條件的，由認定機構取消其高新技術企業資格，并通知稅務機關追繳其不符合認定條件年度起已享受的稅收優惠。
屬于對是否符合《認定辦法》第十一條（除（五）款外）、第十七條、第十八條和第十九條情況的企業，按《認定辦法》規定辦理；屬于對是否符合《認定辦法》第十一條（五）款產生異議的，應以問題所屬年度和前兩個會計年度（實際經營不滿三年的按實際經營時間計算）的研究開發費用總額與同期銷售收入總額之比是否符合《認定辦法》第十一條（五）款規定進行復核。
高新技術企業發生名稱變更或與認定條件有關的重大變化（如分立、合并、重組以及經營業務發生變化等），應在發生之日起三個月內向認定機構報告，在“高新技術企業認定管理工作網”上提交《高新技術企業名稱變更申請表》（附件7），并將打印出的《高新技術企業名稱變更申請表》與相關證明材料報認定機構，由認定機構負責審核企業是否仍符合高新技術企業條件。
企業僅發生名稱變更，不涉及重大變化，符合高新技術企業認定條件的，由認定機構在本地區公示10個工作日，無異議的，由認定機構重新核發認定證書，編號與有效期不變，并在“高新技術企業認定管理工作網”上公告；有異議的或有重大變化的（無論名稱變更與否），由認定機構按《認定辦法》第十一條進行核實處理，不符合認定條件的，自更名或條件變化年度起取消其高新技術企業資格，并在“高新技術企業認定管理工作網”上公告。
1. 《認定辦法》第十八條中整體遷移是指符合《中華人民共和國公司登記管理條例》第二十九條所述情況。
2. 跨認定機構管理區域整體遷移的高新技術企業須向遷入地認定機構提交有效期內的《高新技術企業證書》及遷入地工商等登記管理機關核發的完成遷入的相關證明材料。
3. 完成整體遷移的，其高新技術企業資格和《高新技術企業證書》繼續有效，編號與有效期不變。由遷入地認定機構給企業出具證明材料，并在“高新技術企業認定管理工作網”上公告。
1. 有《認定辦法》第十九條所列三種行為之一的企業，自行為發生之日所屬年度起取消其高新技術企業資格，并在“高新技術企業認定管理工作網”上公告。
2. 認定機構應依據有關部門根據相關法律法規出具的意見對“重大安全、重大質量事故或有嚴重環境違法行為”進行判定處理。
3. 已認定的高新技術企業，無論何種原因被取消高新技術企業資格的，當年不得再次申請高新技術企業認定。
